Los Tokubetsu Jōnin (特別上忍, Tokubetsu Jōnin, significa literalmente "Gran Ninja Especial") es una categoría especial de Jōnin en donde su formación gira en torno en una sola área o habilidad, siendo especialistas en ellas. Al ser ninjas de élite en dichas áreas, son generalmente asignados a misiones especiales donde sus capacidades sean útiles. Además los Jōnin regulares generalmente son escogidos como subordinados de estos cuando sus servicios son necesarios.
Un ejemplo de un Tokubetsu Jōnin sería Ibiki Morino, cuya habilidad especial es su capacidad de entender completamente el funcionamiento de la mente humana, convirtiéndolo en un experto en interrogación, por eso fue escogido como el líder de la División de Inteligencia de Konohagakure.
